En general la producción de hortalizas a nivel local a partir del esfuerzo de las comunidades, se ha caracterizado muchas veces por la gravedad de los problemas fitosanitarios y el uso intensivo de plaguicidas para tratar de controlarlos.
Los métodos hidropónicos de producción de hortalizas aumentan la productividad y la inocuidad de los productos obtenidos al mismo tiempo que, por la aplicación de técnicas apropiadas, reducen las plagas y enfermedades. Sin embargo estos cultivos no escapan a la necesidad de controlar plagas y enfermedades a través de métodos de bajo impacto para la salud humana y el ambiente.
El uso inapropiado, indiscriminado y unilateral de los plaguicidas ha provocado no solamente intoxicaciones crónicas y agudas a la población, sino también, la aparición de la resistencia de las plagas y enfermedades lo cual, perpetúa el oneroso ciclo de la dependencia a los agroquímicos. Esta situación también se manifiesta en condiciones de producción hidropónica en invernaderos, tecnología que ha sido propuesta como una de las alternativas de gestión comunitaria "limpia" en apoyo al Proyecto de Cooperación Técnica TCP/ECU/0066: "Mejoramiento de la Disponibilidad de Alimentos en los Centros de Desarrollo Infantil del Instituto Nacional del Niño y la Familia del Ecuador".
Las alternativas para el manejo integrado de plagas y enfermedades en invernaderos hortícolas son variadas incluyendo la resistencia propia o producto del mejoramiento genético de las variedades; el control biológico; las buenas prácticas de producción hortícola; el manejo del ambiente de los invernaderos; el manejo apropiado de los residuos de las cosechas y de los hospederos y los controles físicos, mecánicos, y biológicos, útiles tanto a nivel de los huertos hidropónicos a nivel familiar como en las producciones comerciales de microempresas hidropónicas. La utilización de insecticidas de origen vegetal es propuesta por la FAO a través de esta publicación "Manual práctico", dirigida a los beneficiarios del proyecto y de sus comunidades, como un elemento útil y complementario para los usuarios de la tecnología hidropónica.
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