Realmente esta es una pregunta picante. Me gusta argumentar de que el cultivo hidropónico en invernadero es casi orgánico. El gran argumento entre lo orgánico e inorgánico se centra en el uso de pesticidas sintéticos. Las plagas en un invernadero hidropónico está controlado por agentes biológicos en más del 90 %. El control de plagas a través del manejo integrado de plagas (MIP) es el método ampliamente aceptado. Este incluye el uso de agentes predadores los cuales eliminan a las plagas. Algunos pesticidas suaves como jabones (M-Pede), extractos de plantas (Azatin, Neemix), bacterias (Dipel, Vectobac), hongos (Mycoprop, BotaniGard) y otros son seguros para usarse con agentes biológicos para controlar las infestaciones sin dañar los balances predador - presa. Esto coloca al producto hidropónico en un estado "libre de pesticida", pero los productores orgánicos argumentan que aún no es orgánico debido al uso de fertilizantes químicos.
Para ser realmente un cultivo hidropónico orgánico se deberia usar nutrientes de fuentes orgánicas tales como fertilizantes a base de pescado, extractos de plantas marinas y otros fertilizantes "naturales" no refinados. Muchos de estos fertilizantes orgánicos están disponibles para los cultivos de campo, como el suelo que siempre provee un cierto nivel de nutrición para las plantas. Por otro lado, el cultivo hidropónico empieza sin nada de nutrientes en el sustrato y generalmente con inadecuadas cantidades en el agua. Sin embargo, el agua frecuentemente contiene carbonatos de calcio y magnesio, hierro, boro, zinc y otros microelementos. Sus niveles generalmente no son óptimos y por lo tanto el agua requiere nutrientes adicionales. Algunas veces los niveles de micronutrientes pueden estar muy altos y tendrán que ser removidos del agua por ósmosis inversa.
Para hidroponía están disponibles formulaciones de nutrientes orgánicos pero frecuentemente les faltan varios elementos, los cuales tendrán que ser añadidos de otros fertilizantes, y tal vez serían demasiado costosos para los grandes invernaderos comerciales. Actualmente me encuentro trabajando en el desarrollo de una fuente completa de nutriente orgánico de compost prehistórico que no ha sido formado dentro del carbón. El material es remojado con agua durante 24 horas para remover los nutrientes en una forma concentrada; luego es preparado en dos partes como un concentrado líquido.
Sin embargo, sugiero que los fertilizantes inorgánicos actúan de la misma manera que los orgánicos en término de asimilación de la planta. Todos tienen que ser descompuestos en formas iónicas y unirse a los coloides del suelo (en el caso de cultivo en suelo) y luego son liberados en el agua que rodea las raíces de las plantas (el cual es lo mismo como solución nutritiva en hidroponía). Luego toma lugar el intercambio iónico entre las raíces de la planta y la solución nutritiva (o solución suelo en cultivo en suelo). Fisiológicamente las plantas no difieren en el intercambio iónico entre la solución suelo o solución nutritiva. Por lo tanto, si las plantas están creciendo hidroponicamente libres de pesticidas, se puede argumentar que realmente están creciendo orgánicamente.